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我公司接到税务机关通知，一张已经认证的增值税专用发票已经被开票方作废。请问我公司应当如何处理？《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函〔2006〕969号）第二条规定，关于增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票的处理。目前，增值税专用发票稽核系统发现涉嫌违规发票分"比对不符"、"缺联"和"作废"等类型。凡属于上述涉嫌违规的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，由管理部门按照审核检查的有关规定进行核查，并按有关规定进行处理。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。属于税务机关责任的，由税务机关误操作的相关部门核实后，区县级税务机关出具书面证明；属于技术性错误的，由税务机关技术主管部门核实后，区县级税务机关出具书面证明。
根据上述规定，除税务机关责任造成的外，应当做进项税额转出。
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