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成本法核定农产品进项税额
自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，增值税进项税额都可以按照核定扣除试点实施办法抵扣，不再凭增值税抵扣凭证抵扣。
以购进农产品为原料生产货物：
1、投入产出法：
当期允许抵扣农产品进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/(1+ 扣除率)
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量(不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量)×农产品单耗数量
2、成本法:
当期允许抵扣农产品进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/(1+扣除率)
农产品耗用率=上年投入生产的农产品的外购金额/上年生产成本
3、参照法:
新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，可以参照所属行业或生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或农产品耗用率。次年，向主管税务机关申请核定当期农产品单耗数量或农产品耗用率，并据此计算当年允许抵扣的农产品增值税进项税额，同时对上一年进项税额进行调整。如果核定的进项税额超过实际抵扣的，则差额部分可结转下期继续抵扣;对于低于实际抵扣的，差额部分则作转出处理。
农产品进项税抵扣如何计算?
一、一般纳税人购进已税农产品，凭票抵扣进项税额11%：
1、如果是取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，法定扣税凭证上注明的增值税额则为进项税额(11%);
2、如果是取得小规模纳税人主管税局代开的增值税专用发票的，则以专票上注明的金额和11%扣除率计算进项税额。
二、一般纳税人购进免税农产品，计算抵扣进项税额(11%、13%)
1、按11%计算抵扣进项税额
如果一般纳税人从农业生产者手中购进免税农产品，取得农产品销售发票或收购发票的，则按照农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
2、按13%计算抵扣进项税额
购进用于生产销售或委托受托加工17%税率货物的农产品，维持原扣除力度不变。
注意事项1：正确使用11%或13%，需要区分农产品来源和用途：
农产品来源用途及进项税额：
已税直接销售 11%(税率)
连续加工11%(税率)
免税直接销售 11%(扣除率)
连续加工13%(扣除率)
注意事项2：纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工17%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算，否则从低扣税(11%)。
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