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总机构与分机构的所得税分配比例
根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》(国家税务总局公告2012年第57号)第八条 总机构应将本期企业应纳所得税额的50%部分，在每月或季度终了后15日内就地申报预缴。总机构应将本期企业应纳所得税额的另外50%部分，按照各分支机构应分摊的比例，在各分支机构之间进行分摊，并及时通知到各分支机构;各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额就地申报预缴。
分支机构未按税款分配数额预缴所得税造成少缴税款的，主管税务机关应按照《征收管理法》的有关规定对其处罚，并将处罚结果通知总机构所在地主管税务机关。
税款缴库程序
根据《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法》(财预〔2012〕40号)：
(一)分支机构分摊的预缴、补缴税款、查补税款(包括滞纳金和罚款)由分支机构办理就地缴库，并且开具税收缴款书，预算科目栏按企业所有制性质对应分别填写“分支机构预缴所得税”、“分支机构汇算清缴所得税”和“企业所得税查补税款、滞纳金、罚款收入”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60%、地方40%”。
(二)总机构就地预缴、补缴、查补税款(包括滞纳金和罚款)由总机构合并办理就地缴库。分配方式为中央60%，企业所得税待分配收入(暂列中央收入)20%，总机构所在地20%。由总机构税务机关开具税收缴款书，预算科目栏按企业所有制性质对应分别填写“总机构预缴所得税”、“总机构汇算清缴所得税”和“企业所得税查补税款、滞纳金、罚款收入”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏按上述分配比例填写“中央60%、中央20%(待分配)、地方20%”。
国库收到税款后，将其中60%分别列入中央“总机构预缴所得税”、“总机构汇算清缴所得税”和“企业所得税查补税款、滞纳金、罚款收入”下有关目级科目，20%列入“企业所得税待分配收入”下有关目级科目，20%分别列入地方“总机构预缴所得税”、“总机构汇算清缴所得税”和“企业所得税查补税款、滞纳金、罚款收入”下有关目级科目。
(三)多预缴税款由总机构和分机构所在地税务机关开具收入退还书并按规定办理退库。收入退还书预算科目按企业所有制性质对应填写，预算级次按原缴款时的级次填写。
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